Vào tháng 10 tháng 1937, tổng giám đốc trang bị (Generalluftzeugmeister) Ernst Udet ra lệnh phát triển Junkers Ju 88 thành loại máy bay ném bom bổ nhào hạng nặng. Điều này được gấp rút thực hiện bởi vì sự thành công của Ju 87 Stuka trên chiến trường. Junkers triển khai lắp ráp bộ phanh bổ nhào, hệ thống lấy thăng bằng sau khi bổ nhào và cho thử nghiệm trên hai phiên bản của Junkers là V-5 và V-6. Mẫu V-5 lần đầu bay vào 13 tháng 4 năm 1938 và mẫu V-6 là vào 2 tháng sau đó. Cả V-5 và V-6 đều trang bị loại cánh quạt 4 cánh, thêm khoang để bom và bộ điều khiển chính. Nhưng những sửa đổi trên dường như làm khung máy bay bị quá tải và khó điều khiển khi bay thấp. Nhận thấy điều đó, tập đoàn Junkers đã bớt đi một số chi tiết nhằm làm máy bay nhẹ hơn. Ngoài ra họ còn gắn thêm ống ngắm Stuvi giúp cho việc thả bom hiệu quả hơn trên chiến trường. Phiên bản cải tiến cuối cùng cho loại ném bom sử dụng khung của mẫu V-4 và khoang để bom A-17, loại khoang của các máy bay phóng ngư lôi. Tuy lượng bom mang được trên một máy bay Junkers bổ nhào là 2.500 kg (5.510 lb) nhưng thật ra mức hiệu quả chỉ là khoảng 1.500-2.000 kg (3.310-4.410 lb).